政治经济学学科一直以来都是经济研究所的重点建设学科，学科研究主要依托政治经济学研究室。

政治经济学研究室前身为政治经济学研究组。1954年，经济研究所成立包括政治经济学研究组在内的6个研究组，1978年经济研究所各研究组统一改组为研究室。政治经济学研究室（组）一经成立就汇聚了我国最顶尖的经济学者，包括孙冶方、骆耕漠、张卓元、吴敬琏、何建章、于祖尧、陈吉元、徐节文、项启源、戴园晨等著名经济学家都曾在政治经济学研究室工作过，老一辈学者在中国经济建设和经济体制改革等重大决策的讨论中作出了重要贡献。《社会主义经济论》（孙冶方）、《〈资本论〉研究》（骆耕漠）以及研究室集体撰写的《经济体制改革的政治经济学分析》、《社会主义新论》等学术著作对中国经济学发展作出了开创性贡献，也为政治经济学学科成为国内最重要的研究基地奠定了坚实基础。“孙冶方经济学奖”是经济科学的权威奖项。老一辈经济学家以严谨求真、面向实践、不断创新的精神开创了研究室优良的学术传统。担任过室主任的有何建章、吴敬琏、陈吉元、徐节文、方留碧、朱玲、罗德明、胡家勇、裴小革。

改革开放以后，政治经济学研究室以政治经济学基本理论为主要研究领域，探讨中国经济发展和经济体制转型过程中的重大理论和现实问题，为应用经济学的发展和国家重大方针政策提供基本理论支持。经过不断努力，在中国经济体制转型理论、社会主义市场经济理论、政治经济学基本理论范畴、经济发展理论等四个研究领域形成了自己的研究特色，取得了比较系统的研究成果。研究室承担多项国家社会科学基金课题，如“社会主义初级阶段基本经济制度研究”；参与中央马克思主义理论研究和建设工程重点教材《马克思主义政治经济学概论》编写。从1996年开始，经济研究所政治经济学学科一直保持被列为俄罗斯专享会294官网版重点学科建设项目。

政治经济学研究室在坚持深化研究中国特色社会主义经济政治经济理论的同时，也开展借鉴西方经济学中的优秀成果，特别是新政治经济学的研究成果，以进一步探索中国经济发展与治理的内在规律的研究；以社会主义市场经济理论和中国经济发展问题为主攻方向，进行扎实的国情调研，选择若干重要研究专题展开深入研究。